Si les traces d’une activité antique ne sont pas à écarter, attestée par plusieurs découvertes de «pièces» et «médailles » antiques lors de travaux aux XIX et XXèmes, c’est bien la période médiévale et l’édification de l’église au cours des Xème et XIème siècles par l’ordre des bénédictins, qui va marquer l’essor du bourg du Bois-Sainte-Marie.
Bois-Sainte-Marie passe sous l’influence des Vicomtes du mâconnais. Ces derniers se sont installés dans leur forteresse de Dun, jusqu’à la fin du XIIème, pour devenir ensuite châtellenie royale sous le règne de Philippe Auguste. C’est à cette époque que la ville de Bois-Sainte-Marie est la plus prospère. Elle compte jusqu’à mille-deux-cents habitants. Elle devient une importante place marchande de la région, où l’on frappe la monnaie, où l’on rend la justice et où l’on marchande au cours des six foires annuelles sur la place de la Grenette.
Cette prospérité dure jusqu’au début du XVème. Bois-Sainte-Marie est détruite et pillée à plusieurs reprises lors d’assauts des Armagnacs contre les Ducs de Bourgogne.
Pendant la Renaissance, les guerres de religion et la peste noire ne laissent guère de répit à Bois-Sainte-Marie pour se reconstruire. Elle reste cependant au cours des XVI et XVIIèmes, une place commerçante et administrative, dans laquelle s’installent de nombreux notables. Leurs noms font encore partie du patrimoine historique de la région (Barthelot de Rambuteau, Alacoque, de Montrouant, …).
La Révolution sonne le déclin de cette bourgade et son démantèlement administratif. L’église subit de graves dommages, mais traversera les siècles et restera un des plus impressionnants témoins de cette histoire.
Le passé le plus récent (XIXème) de Bois-Sainte-Marie est marqué par l’œuvre de charité de Mme de Rocca. Elle fit édifier deux établissements, qui accueillirent successivement, des jeunes filles, un asile, et enfin un orphelinat qui perdurera jusque vers 1970. Ces établissements seront ensuite transformés pour devenir un Établissement d’Hébergement pour Personnes Âgées Dépendantes.